O Depósito Judicial, ao contrário do entendimento de que é uma ordem judicial, é o meio no qual uma das partes litigantes (aquelas que discutem um direito, numa Ação), oferece uma determinada quantia, considerada correta, colocando-a à disposição do Juízo.
É um meio muito utilizado em discussões judiciais sobre pagamentos, cujo recebimento não é aceito pelo Credor (Ações de Consignação em Pagamento).
Por exemplo, se você discute em uma Ação o valor de uma determinada parcela, e, não querendo ficar inadimplente (já que o Credor se recusa a recebê-la), você pode depositar este valor em Juízo. O valor será recebido em uma guia própria, e colocado à disposição do Juízo, até o final da causa (Ação), ou a parte contrária aceitar seu recebimento.
Outro exemplo, quando se discute o valor da correção de um determinado aluguel, e o Locador se recusa a recebê-lo, o Locatário, considerando o valor correto, pode efetuar seu o Depósito Judicial.
Nestes casos, enquanto o valor ficar depositado, receberá juros e correção, legais, e o Gerente do Banco será considerado o depositário do valor, até efetivo levantamento por uma das partes, também em guia própria.
Espero ter ajudado.